Существует несколько способов управления пользовательскими кронтабами.
Редактирование с помощью crontab
Наиболее простой из них — редактирование файла с помощью crontab:
crontab -u USER -e
Также возможно выполнение от учетной записи пользователя
crontab -e
что существенно снижает риск по ошибке записать крон от другого пользователя.
Копирование crontab вручную
Другой способ, обычно применяемый при переносе конфигураций серверов — копирование пользовательских кронтабов, находящихся в директории /var/spool/cron. При синтаксически корректных исходных конфигах способ работает безотказно. Единственное, что необходимо для его работы: "тронуть" (touch) конфиги после выкладки или перезапустить крон. Иначе, они не будут выполняться.
Импрорт в crontab из другого конфига
Метод реализуется командой
crontab -u USER /tmp/old-crontab
которая включает в систему уже существующий конфиг крона. При переносе конфигурации сервера, это вероятно самый безопасный вариант.
Способы переноса сиcтем контроля версий
Реализуется с помощью различных систем централизованного управления конфигурацией вроде Puppet. Работает очень хорошо, но применять его целесообразно только на достаточно большом количестве масштабируемых серверов.