Параметры SSL в конфигурации nginx могут быть описаны как в глобальной http-секции, так и в настройках локальных серверов server. В контексте server по логике настройки должны применяться только на этот сервер.
Интересно, что поддержка TLS v1.2 включается только если её включить в server-секциях всех виртуальных хостов, а не только нужного.