Размещение правил в .htaccess лучше избегать, хотя бы по этой причине:
In the case of RewriteRule directives, in .htaccess context these regular expressions must be re-compiled with every request to the directory, whereas in main server configuration context they are compiled once and cached. Additionally, the rules themselves are more complicated, as one must work around the restrictions that come with per-directory context and mod_rewrite. Consult the Rewrite Guide for more detail on this subject.
Если коротко, то реврайты в .htaccess компилируются каждый раз при запросе к директории, тогда как в основном конфиге — только при запуске. На большом количестве запросов это может сделать апач быстрее.
Кроме того, размещение правил в основном конфиге безопаснее. В этом случае, поиск .htaccess отключается (что тоже имеет маленькое влияние на производительность — апач не ищет эти файлы).
Прописывайте правила в конфиге самого апача!