Иногда Linux отказывается перезагружаться стандартными коммандами. Тогда бывает полезным следующий низкоуровневый способ с помощью механизма SysRq. Для ребута комманда такая:
echo b >/proc/sysrq-trigger
Если команда не проходит сразу, то возможность использования Magic SysRq надо включить
echo 1 > /proc/sys/kernel/sysrq
Также есть полезные для размонтирования ФС (u) и синхронизации дисков (s), которые можно сделать до ребута.